〜あり得ない〜 そんな言葉なんてないのかもしれない。 俺は高校生探偵の工藤新一。 ありえないと思うことはたくさんあった。 そう、あの日までは。 ＡＰＴＸ４８６９という薬を飲まされ体が縮んでしまったあの日までは。 そして、今は元に戻り普通に生活していた。 日常に慣れてしまい、あり得ないと思うことがまた多くなった。 その日は突然やって来た。常識を打ち破るような出来事が。 今から話すことを信じてもらえる//

無事、新一の姿に戻れた。しかし、ありえないことが起こった。新一はある小学生に会ったのだ。江戸川コナンという名の小学生に・・・。