地底、人類、宇宙の各勢力を倒し遂には造られた神であるガンエデンまでも倒しイルイを救い出したロンド＝ベル。しかし彼等の戦いは終わったわけではなかった。 　今だ銀河にはバルマー帝国がその力を温存させており宇宙怪獣の存在もあった。ロンド＝ベルは来たるべき彼等との戦いを前にその剣を研ぎなおしていただけであった。 　だが彼等はまだ知らなかった。バルマー、宇宙怪獣の他にも様々な敵が迫ろうとしていることを。そ//

地球圏における全ての戦いを終わらせたロンド＝ベル。だがその彼等を新たな戦乱が襲う。そしてその先にある最後の戦いは。『スーパーロボット大戦パーフェクト第二次篇』の続編です。